维吾尔族历史悠久，其历史可以追溯到汉代以及三国时期游牧于中国北方的丁零和呼揭，在古代汉文历史文献的记载中，“回纥”一词来自古回纥文，回鹘之名来源于部落韦纥、乌护，是“铁勒”诸部的一支，韦纥居住在土剌河北，乌护居住在天山一带。维吾尔族的先民回纥人曾受辖于突厥汗国。由于与中原王朝战争冲突频仍，突厥汗国国势日衰，公元744年，原居住于在鄂尔浑河岸的回纥人推翻突厥汗国的统治，建立回纥汗国（公元788年回纥汗国改名为回鹘汗国，“回鹘”意为回转轻捷如鹘），回纥汗国极盛之时，其统辖范围包括今蒙古高原大部分地区。回纥汗国统治者重视与中原政权的关系，长期与唐王朝修好，曾两次派兵协助唐朝军队平定安史之乱，并与唐朝皇室多次和亲。

　　公元840年，由于蒙古高原连年天灾，加之回鹘汗国内部分裂争斗，居住于其北部的黠戛斯人趁势南下，公元848年，黠戛斯人一举攻灭回鹘汗国，回鹘人被迫分两路迁徙，南下的一支徙居河西走廊地区，在今甘肃张掖建立汗国，史称甘州回鹘，后被西夏击败，这一支南迁的回鹘人长期在今甘肃地区繁衍生息，为现在甘肃省裕固族的祖先。西迁的第一支回鹘人到达今吐鲁番地区，建立高昌回鹘汗国，史称西州回鹘，他们与当地土著居民融合逐渐发展为这一地区的维吾尔人。而西迁的另一支回鹘人越过葱岭，进入中亚地区，联合其他突厥语系部落建立了盛极一时的喀喇汗王朝，也就是在这一时期，回鹘人与新疆天山南部的土著居民长期融合，逐步发展为现在南疆地区的维吾尔族。

　　公元1371年，统治西域百余年的察哈台汗国灭亡，西域被分裂为许多割据的小政权，直至公元17世纪，天山南部建立叶尔羌汗国，属清王朝附属国，公元1678年，叶尔羌汗国在准噶尔人的进攻下灭亡。

　　公元1757年，清朝乾隆皇帝派兵剿灭准噶尔叛军，在北疆伊犁地区惠远城设伊犁将军总辖新疆军务。清光绪年间，左宗棠率军进疆平定中亚叛军阿古柏入侵，收复新疆，公元1884年新疆正式建省。

　　在新疆的历史上，天山南北的维吾尔人同各族人民一道，为维护祖国统一，反对帝国主义的侵略进行了顽强坚决的斗争，为抵御侵略、维护祖国的领土完整做出了贡献。

参考资料：《民族问题五种丛书》之《中国少数民族》卷.中华人民共和国国家民族事务委员会，2009年.